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寡核苷酸(Oligonucleotide)，是一類只有20個以下堿基對的短鏈核苷酸的總稱(包括脫氧核糖核酸DNA或核糖核酸RNA內的核苷酸)，寡核苷酸可以很容易地和它們的互補對鏈接，所以常用來作為探針確定DNA或RNA的結構，經常用于基因芯片、電泳、熒光原位雜交等過程中。

LC-MS是眾多寡核苷酸生物分析方法中的一種。由于寡核苷酸屬于酸性強極性化合物，因此在一般色譜柱上很難保留。離子對反相色譜法是較為常用的一種方法，離子對試劑可以增強寡核苷酸在反相色譜上的保留。1、帶正電的離子對試劑會與帶負電的寡核苷酸磷酸骨架在溶液中構成離子對，減少了寡核苷酸的凈電荷并增加了疏水性，疏水相互作用促成了寡核苷酸在離子對反相色譜中的保留；

2、離子對試劑依靠其疏水性烷基鏈可以吸附于反相色譜的固定相上以形成離子交換劑，靜電相互作用有助于寡核苷酸在反相色譜中的保留。

常用離子對主要有基于乙酸胺試劑和基于1,1,1,3,3,3-六氟異丙醇(HFIP)的胺類離子對試劑。例如三乙銨乙酸溶液廣泛用于寡核苷酸純化、分析的RP-HPLC緩沖液。三乙胺和1,1,1,3,3,3-六氟異丙醇(HFIP)的緩沖液可提高寡核苷酸LC-MS分析中ESI檢測的靈敏度。三乙銨乙酸溶液、三乙胺和1,1,1,3,3,3-六氟異丙醇(HFIP)，可以使在寡核苷酸分析范圍內不會出現UV吸收的情況。由于1,1,1,3,3,3-六氟異丙醇(HFIP)的沸點和酸性更弱，因此基于 1,1,1,3,3,3-六氟異丙醇(HFIP)的離子對試劑比基于乙酸的離子更為常用。