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生物染色劑是利用加入對細胞中特殊物質(如DNA，蛋白質，脂質，糖類等)具有選擇性的染劑，以此區別特殊物質。指示劑是一類在其特定的PH值范圍內，隨溶液PH值改變而變色的化合物，通常是有機弱酸或有機弱堿。

在化學試劑中，把帶有顏色或可改變顏色的一類試劑統稱為色素試劑，它包括了指示劑、顯色劑和染色劑。

酸堿指示劑是遇到酸、堿能改變試劑顏色的指示劑，主要用來指示溶液的PH值，指示酸堿滴定的終點，如：甲基橙、酚酞、甲基紅等。這些酸堿指示劑也是一種染料，但一般染料并不能直接作為酸堿指示劑，一般要進行提純，嚴格控制試劑中的雜質含量，否則可造成PH值變色范圍的遷移，影響滴定分析的結果。

氧化還原指示劑是指遇到氧化劑或還原劑能改變顏色的試劑，主要指示溶液中的氧化劑或還原劑的存在、用于指示氧化還原滴定分析的終點，如二苯胺、二苯胺磺酸鈉、次甲基蘭、鄰二氮非-亞鐵等。

能指示絡合滴定終點的指示劑稱為絡合指示劑，因絡合劑與金屬離子之間的反應，所以絡合指示劑一般均為金屬離子的顯色劑，如二甲酚橙、鉻黑T、PAN、PAR、酸性鉻蘭K等。

在顯色劑中還有很多是專門為光度分析用的金屬離子顯色劑如銅試劑、雙硫腙、釩試劑、鋁試劑等。這類試劑要求含量較高，欲測的金屬離子和有干擾的離子要求含量較低，否則就會造成空白值低，吸光度誤差大，測定值不準確等。

色素中還有一種試劑稱為生物染色劑，他是用于生物體的染色和結締組織、細菌草軟毛、昆蟲活體、細胞壁、細胞核的染色。如次甲基蘭、酸性品紅、堿性品紅、中性紅、考馬斯亮蘭等，這些試劑有的需直接合成，有的可從工業染料中提純制備。如次甲基蘭，染料次甲基蘭中含有大量鋅鹽，必須洗掉鋅鹽才可作為生物染色劑。

值得一提的是工業染料的名字與染色劑的名字有很大的差異，千萬不要混淆。